Quand un sous-marin nucléaire dans la mer du Nord découvre une Anomalie sous-marine géante, Matt, Connor et Abby rejoignent l'équipage à bord, mais les choses tournent mal lorsque le sous-marin est attiré à travers l'Anomalie dans une mer préhistorique habitée par des pliosaures géants. L'équipe tente ensuite de faire revenir le sous-marin à travers l'Anomalie dans le présent, tandis que Lester a du mal à empêcher un amiral arrogant de détruire l'Anomalie et d'altérer potentiellement la chronologie.